I.  취지

과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 인정되어야 하고, 이에 관하여 과세관청이 증명해야 함.

II.  사안의 개요

원고는 2002. 3. 8. 서울 서초구 소재 토지와 건물을 취득하고, 2016. 12. 16. 이를 양도한 후 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하여 양도소득세 약 1,400만원을 예정신고·납부하였음.

광주지방국세청장은 북전주세무서에 대하여 종합감사를 실시하여 2021. 7. 9. 위 건물의옥탑층을 주택으로 사용했을 경우 주택으로 사용한 층수가 4개층에 해당되어 1세대 1주택 비과세대상에 해당하지 않는다는 취지의 지적사항을 전달하였고, 북전주세무서장은 2021. 8. 3. 피고에게 위 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관하였음.

피고는 2022. 5. 2. 원고에게 과세예고통지를 하였고, 과세전적부심사 절차를 거치지 않은 채, 2022. 5. 9. 위 건물이 4층에 해당하여 위 비과세 특례 적용대상인 3층 이하의 다가구주택에 해당하지 않는다고 보아, 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정하기 전의 것) 제155조 제15항 단서의 적용을 배제하고, 위 건물 전체 면적 중 3층 부분에 대해서만 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하면서, 나머지 면적에 대하여 일반세율을 적용하여 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 약 2억원을 부과하였음.

III.  판결의 요지

국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다.

따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다.

IV.  Note

국세기본법 제81조의15 제3항 제3호는 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있습니다. 그러나 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 수는 없습니다. 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있기 때문입니다. 대상판결은 위 규정의 절차적 정당성을 확보하기 위하여 추가적으로 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유를 요구하고 있고, 이에 관한 증명책임이 과세관청에게 있다고 판시한 점에서 의의가 있습니다.

대상판결은 위 법리에 따라 피고가 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관받은 시점이 2021. 8. 3.이고 과세예고통지가 있은 시점은 2022. 5. 2.이었는데, 그 사이 피고가 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하였다고 볼 증거가 없을 뿐 아니라, 추가 조사를 할 것이 남아 있던 상황도 아니었던 점 등을 고려하면 피고는 별다른 이유 없이 후속 절차를 지연시킨 것으로 보일 뿐 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사유가 증명되었다고 볼 수 없다고 판시하였습니다.

그리고 대법원 2025. 6. 12. 선고 2025두31960 판결은 지방세기본법 제88조 제1항(과세예고통지), 제2항(과세전적부심사), 제3항(과세전적부심사의 예외사유) 제3호(과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우)에 관하여도 대상판결과 동일한 법리를 확인하면서, 피고가 추가적으로 사실관계를 조사ㆍ확인할 필요가 있었던 경우에 해당하지 않고 원고가 감면대상이 아니라는 해석이 분명해진 뒤에도 피고가 별다른 이유 없이 후속 절차를 지연시켰을 뿐, 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 것에 피고의 귀책사유가 없다는 사정이 증명되었다고 볼 수 없다고 판시하였습니다.